Pada bagian ini, sistem klasifikasi semakin kompleks. Mari dilanjutkan..Sistem Fenetik Modern (Taxometric)
Metode filogenetik yang telah dikembangkan ternyata sulit untuk diaplikasikan. Hal ini direspon oleh Sneath dan Sokal dengan mengenalkan sistem taksonomi numeric atau taksonometrik yang didasarkan pada sifat fenetik yang mudah untuk diamati dan tidak menghasilkan sistem klasifikasi yang baru. P.H.A. Sneath dan R.R. Sokal berkolaborasi menerbitkan buku yang berisi tentang metode, hasil, prinsip, tujuan dan latar belakang penggunaan taksonomi numerik yang berjudul Numerical Taxonomy. Tujuh prinsip dasar yang digunakan adalah:
- Semakin banyak informasi yang dimiliki suatu taksa, maka hasil klasifikasi yang dihasilkan menjadi lebih akurat.
- Bersifat apriori, setiap karakter yang dimiliki oleh suatu taksa bernilai sama.
- Similaritas keseluruhan diantara dua objek (entitas) adalah hasil dari perbandingan similaritas dari karakter-karakter yang digunakan.
- Taksa yang terpisah disebabkan oleh karakter yang berbeda.
- Kaitan dengan filogenetik bisa diperoleh menggunakan struktur taksonomik dan hubungan karakter-karakter yang memberikan asumsi mengenai jalur dan mekanisme evolusi.
- Taksonomi dipandang dan diterapkan sebagai ilmu yang empiris.
- Klasifikasi berdasarkan pada similaritas fenetik.
Sebagian besar dari prinsip tersebut merupakan tujuan dari metode Adanson, kecuali nomor 5, sehingga prinsip ini dikenal juga sebagai prinsip neo-Adansonian. Pada penggunaan jumlah karakter, disyaratkan setidaknya minimal 60 karakter dan bersifat homolog. Setiap karakter juga diberikan bobot yang sama, sehingga memberikan hasil yang objektif. Inilah yang menjadi keunggulan taksonomi numeric ketika menghadapi karakter yang menyebabkan incongruence classification (biasa muncul pada sistem klasifikasi Linnaeus dalam pengelompokan taksa dengan karakter transisi).
Unit dasar pada taksonomi numeric disebut OTU (Operational Taxoonomic Unit). Setiap OTU akan didata karakternya kemudian disajikan dalam bentuk matriks. Dari bentuk ini, dilakukan penilaian atau skoring karakter tersebut secara biner atau two-state maupun menggunakan beberapa karakter (multi-state qualitative atau multi-state quantitative). Setelah itu, dilakukan analisis statistik (clustering analysis) berdasarkan similaritas ataupun dissimilaritas. Hasil akhirnya adalah berupa cluster atau matriks yang mengandung informasi similaritas atau dissimilaritas. OTU yang memiliki karakter sharing yang banyak disebut polythetic sedangkan yang hanya satu disebut monothetic. Tahapan berikutnya adalah menerjemahkan matriks tersebut ke dalam bentuk dendrogram. Untuk memudahkannya, digunakan garis imajiner sebagai pembaca satuan similaritas ataupun dissimilaritas (garis fenon atau phenon line).
Sistem Filogenetik Modern (Cladistic)
Hening dan W.H. Wagner melakukan pendekatan yang sama dan menginisiasi dimulainya penggunaan sistem kladistik untuk mengetahui jalur evolusi tumbuhan. Metode dari kedua orang tersebut merupakan perkembangan dari metode parsimony yang dirangkai dalam prinsip-prinsip parsimony. Jalur monophyletic, polyphyletic dan paraphyletic dalam evolusi tidak menimbulkan bias ketika menggunakan metode ini. Konstruksi cladogram menggunakan karakter primitif yang disebut plesiomorphus sedangkan karakter maju disebut apomorphous. Apabila kedua karakter tersebut diacu untuk karakter umum pada suatu taksa, maka disebut sebagai symplesiomorphy dan synapomorphy.
Untuk merangkai kladogram, maka diperlukan adanya polaritas antara plesiomorphus dengan apomorphus. Tujuannya adalah untuk mengetahui arah evolusi. Sebenarnya ada dua cara, yang pertama adalah menggunakan fosil, sedangkan yang kedua menggunakan sister-group atau out-group dari unit yang dibandingkan. Menggunakan fosil memiliki banyak kekurangan, salah satu yang fatal adalah tidak bisa menyakinkan bahwa fosil tersebut memiliki karakter yang memang homolog dengan kelompok yang akan dibandingkan. Penggunaan out-group memiliki solusinya.
Satuan spesies dalam metode ini disebut Evolutionary Units (EU). EU sama dengan OTU pada metode fenetik. Setiap EU dirangkai dalam table yang dilakukan skoring untuk menghasilkan matriks. Dari matriks tersebut dapat digunakan algoritma Manhattan Distance yang melacak dissimilaritas antar spesies. Untuk melacak nenek moyangnya, digunakan Hypothetical Taxonomic Units (HTU) yang dianggap menjadi nenek moyang dari spesies-spesies tersebut.
All Around Us 